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课程二

《医学信息检索》实验指导

文章来源:大红鹰电子 作者: 发布时间:2015年11月21日 点击数: 字号:【小】 【大】

《医学信息检索》实验指导

前 言

《医学信息检索》是培养医学生的信息意识,使学生掌握信息检索技能,提高其获取、分析和利用信息资源的能力的一门方法课,是对医学生开展信息素质教育的重要课程。通过该实验课程的开设,学生能够熟悉国内外常用的医学信息检索系统的结构和检索原理,熟练掌握检索技巧,为快速、准确、全面地获取中外文医学信息打下基础。学生在理论课上学习到文献检索的基本知识及基本原理,通过实验课进一步熟悉并掌握各种医学及相关学科专业文献信息检索系统的编排特点和检索方法,以及对各种检索系统的筛选与评价,尤其是网上医学信息的分布、鉴别及查找方法,从而获取最新最前沿最有效的信息,提高自我知识的更新能力。

实验教材:高巧林主编《医学文献检索(第一版)》 人民卫生出版社

实验学时:16学时

实验一 医学工具书等检索实践 (综合性实验,4学时)

【实验目的与要求】

1.辅导学生分析确定检索课题,明确检索目标。

2. 练习检索词的选择以及计算机检索运算符的应用。

【实验原理】

学生通过浏览信息检索网络平台提供的一系列医学工具书、搜索引擎和国内主要医药网站,选择自己感兴趣的检索课题,并下载保存与该课题相关的研究信息,作为将来综述写作的材料。

【实验仪器、器材与试剂】

1.电脑

2.数据库

【实验项目、方法与步骤】

1.国内主要医药网站浏览

(1)国家中医药管理局 http://www.satcm.gov.cn

(2)中华中医药学会http://www.cacm.org.cn/coboportal/ portal/zhzyyxhw.page

(3)中国中西医结合学会http://www.caim.org.cn/CN/index.html

(4)国家自然科学基金委员会http://www.nsfc.gov.cn

(5)中华医学会http://www.cma.org.cn/

(6)中华中医药在线http://www.itcmedu.com

(7)中国疾病预防与控制中心http://www.chinacdc.net.cn

(8)丁香园—医学、药学、生命科学专业论坛http://www.dxy.cn

2.通过搜索引擎,练习检索词的选择以及计算机检索运算符的应用

(1)医景网(http://www.medscape.com)

(2)Medhunt与HONselect(http://www.hon.ch)

(3)中国医学生物信息网(http://cmbi.bjmu.edu.cn/)

(4)37℃医学网(http://www.37c.com.cn)

(5)中国眼科医生网(http://www.oculist.net/Index.html)

(6)中国导医网(http://www.daoyi.com)

(7)小木虫(http://emuch.net)

(8)Oncolink(http://www.oncolink.com)

(9)Medical Matrix(http://www.medmatrix.org)

(10)医业网(http://www.yitee.com)

【注意事项】

学生将来要成为一名医学科研工作者,必须学会针对科研的特定需要,结合自己的研究领域或方向进行信息的收集、整理和评价,这是所有科学研究的基础性工作。信息的收集就是从海量信息中选择出对自己的专业和研究课题有较高价值的信息。学生通过这一次实验课程要做到有针对性、系统性、科学性、客观性、时效性地对相关文献信息进行收集和整理。

【实验报告】

1.拟定自己的综述题目;

2.围绕确定的综述题目收集相关文献资料。

【练习与思考题】

1.如何拟定一个合格的综述选题?

2.当一个检索式同时含有逻辑非、与、或还有括号时,其运算顺序是什么?

实验二 题录文摘型检索实践 (综合性实验,4 学时)

【实验目的与要求】

辅导学生选择合适的检索途径和检索词。

【实验原理】

CBM是中国医学科学院医学信息研究所开发研制的综合性医学文献数据库。数据库收录了1978年至今1600多种生物医学期刊,以及汇编、会议论文的文献题录和文摘,涵盖了《中目》和(CMCC)中收录的所有文献题录,涉及生物医学的各个领域。学生通过在CBM练习显示、存盘等操作,熟悉中文书目型数据库的结构和使用。

【实验仪器、器材与试剂】

1.电脑

2.数据库

【实验项目、方法与步骤】

1.中国生物医学文献数据库CBM检索实践。

举例:用主题词“心室功能障碍”检索有关文献。

要求:此题限定在2001~2005年的范围内进行练习。

操作提示:

(1)点击“主题检索”命令,进入主题词检索界面,输入检索词“心室功能障碍”;

(2)注意在轮排索引列表中列出的三个主题词及其各自的命中文献数;点选“心室功能障碍”一词,仔细阅读系统显示的该词的有关信息,包括其对应的英文主题词、可组配的副主题词、各种注释、树状结构等内容;

(3)在副主题词列表上方“扩展检索”选项中选择“不扩展”,然后在下面的副主题词列表中默认系统选择的“全部副主题词”,点击“主题检索”按钮;

(4)用“限定检索”限定在2001-2005年的范围,同时在上方的输入框内保留系统自动生成的检索式“主题词=="心室功能障碍/全部副主题"”,进行检索;

(5)重复⑴~⑶步的操作,不同的是在第⑶步时选择“扩展全部树”;

(6)重复⑴~⑶步的操作,不同的是在第⑶步时要同时勾选“加权检索”项;

(7)用“检索史”浏览、比较#2和#3的检索结果数量差异、#2和#4的检索结果数量差异;再分别浏览其检索结果的具体内容,注意体会主题词扩展检索与不扩展检索、加权检索与非加权检索的差异。

2.电子图书搜索与文献传递系统。

(1)《中华医典》(http://www.tcmbook.cn/zhyd/)

(2)《国学宝典》(http://www.gxbd.com/)

(3)中国数字图书馆(http://www.d-library.com.cn)

(4)读秀(http://www.duxiu.com)

(5)超星数字图书馆(http://www.ssreader.com.cn)

(6)书生之家数字图书馆(http://lib.gsau.edu.cn/ztyjz/nd/Intenter/ssts.htm)

【注意事项】

学生初次使用中文书目型数据库,如何选择合适的检索途径和检索词是面临的最大问题。在实验过程中通过不断改变检索策略,进一步寻找最适合自己检索课题的检索方法。中文书目型检索工具不同于中文全文数据库,在使用时必须注意。

【实验报告】

1.利用CBM以拟定的综述题目为课题进行检索,保存搜索到的文献题录;

2.利用读秀等电子图书收集相关文献资料。

【练习与思考题】

1.在CBM中检索“咽炎”,比较自由词和主题词检索的差异、基本检索界面与主题检索界面检索结果的差异。

2.在CBM中检索作者张静(不限第一作者)发表在《胃肠病学》杂志上的文章。

实验三 中文全文数据库检索实践(综合性实验,4 学时)

【实验目的与要求】

1. 辅导学生选择合适的检索词。

2. 判断选择合适的检索数据库。

3. 检索到的原始文献的编辑处理。

【实验原理】

中国期刊全文数据库CNKI是目前世界上最大的连续动态更新的中国期刊全文数据库,收录1994年至今(部分刊物回溯至创刊)国内8200多种综合期刊与专业特色期刊的全文,全文文献总量2200多万篇;维普中文科技期刊全文数据库收录1989年以来自然科学、工程技术、农业科学、医药卫生、经济管理、教育科学及图书情报等学科领域一万余种科技期刊上的论文;万方数据资源系统是以Internet为网络平台的大型科技、商务信息服务系统,按照资源类型可分为全文类信息资源、文摘题录类信息资源及事实型动态信息资源。学生通过三大中文全文数据库的练习,搜索整理相关综述写作的一次文献。

【实验仪器、器材与试剂】

1.电脑

2.数据库

【实验项目、方法与步骤】

1.中国期刊全文数据库CNKI。

举例:检索《中华高血压杂志》上2006年至今用尼群地平治疗高血压的文献。

要求:注意每一步检索结果有几篇;最后一步时,任选一篇文献,下载其全文。

操作步骤:

(1)点击进入“中国期刊全文数据库”;

(2)检索项默认系统自动选择的“主题词”,在检索词框内输入“高血压”,时间从2006年至今,点击“检索”,查看检索结果共多少条;

(3)在检索结果上方的输入框中输入“尼群地平”,检索项选择“主题”,同时勾选“在结果中检索”一项,然后点击“检索”,查看检索结果共多少条;

(4)在检索结果上方的输入框中输入“中华高血压杂志”,检索项选择“刊名”,同时勾选“在结果中检索”一项,然后点击“检索”,查看检索结果共多少条;

(5)任选一篇文献,分别点击CAJ下载和PDF下载,浏览两种不同格式的全文,注意两者使用的浏览器;点击“检索首页”回到镜像站首页。

2.维普中文科技期刊全文数据库。

3.万方数字化期刊全文数据库。

4.图书馆参考咨询服务系统的利用。

【注意事项】

中文全文数据库检索是检索实验课堂中重要的一环,学生要熟练掌握三大数据库的使用方法,包括初级检索、高级检索、检索词的选择等,通过不断反复练习最终找到最合适自己检索课题的检索词和检索方法。

【实验报告】

1.利用CNKI检索到文献原文并用CAJ或PDF格式下载。

2.在下载获得的文献原文中复制黏贴相关资料到WORD文档上。

【练习与思考题】

1.在维普中文科技期刊全文数据库中检索“尘肺的预防”有关文献;

2.在万方数字化期刊全文数据库中通过“经典高级检索”方法查找有关“维生素E与糖尿病”方面的论文。

实验四 外文医学信息检索实践和综述写作实践(设计性实验,5 学时)

【实验目的与要求】

1. PUBMED检索技巧的应用。

2. 掌握综述的写作格式。

3. 掌握参考文献的著录格式。

【实验原理】

PubMed 是一个免费的搜寻引擎,是因特网上使用最广泛的免费MEDLINE,是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的,基于WEB的生物医学信息检索系统。提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源为MEDLINE,其核心主题为医学,但亦包括其他与医学相关的领域。学生通过该实验课堂练习PUBMED检索技巧的应用,同时开始着手综述的写作。

【实验仪器、器材与试剂】

1.电脑

2.数据库

【实验项目、方法与步骤】

1.PUBMED数据库检索。

举例:利用简单检索功能检索“肝癌的基因治疗”有关文献,熟悉检索结果的几种不同显示格式,练习History、Detail、Clipboard命令的使用和检索结果的几种不同的输出方式。

操作步骤:

(1)打开PubMed网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/,在首页的输入框中输入livercancerANDgenetherapy,点击Search按钮。浏览检索结果,看共有多少篇,其中综述有多少篇;在第一页中有全文、有摘要、无摘要的分别有多少篇;

(2)在Display右侧的下拉列表中分别选择Summary、Summary(text)、Abstract、Abstract(text)、MEDLINE,比较这5种显示格式;

(3)点击Advanced,查看History检索历史;注意点击检索式右侧的检索结果数,看回到哪个界面;

(4)查SearchDetails命令,看系统实际使用的检索式。在SearchDetails框内修改检索式"liverneoplasms"[MeSHTerms]AND"genetictherapy"[MeSHTerms],点击下面的Search按钮,看检索结果有多少篇;

(5)进入History界面,查看两个检索式的结果数量差异,思考这两组结果在切题程度上的差异;要验证数量多的那组结果是否完全包含了数量少的那组结果,怎么操作;

(6)浏览任一组检索结果,从中选择一篇有全文的,下载它的PDF格式全文,并比较HTML格式全文与PDF格式全文的不同;

(7)进入History界面任选一个检索式浏览其结果,从中任选几条记录进行勾选,在Sendto下拉列表中选Clipboard,看界面内容的变化。点击Clipboard命令进入剪贴板查看其内容;重复选择记录添加到剪贴板的操作至剪贴板中累积了一定数量的记录;

(8)在Sendto命令的下拉列表中分别选择Text、E-mail练习2种输出方式;练习从剪贴板中去除部分记录或全部记录。

2. 检索结果的分类整理和归纳总结。

3. 综述的写作。

【注意事项】

综述写作需要主要以下几点:事先检索,查证近年来有无类似主题的综述文章;结合专业,结合自己专业写自己熟悉的事物;资料充分,尽量选择典型的近年发表的权威性资料;评议审慎,评议一定要客观,防止把自己的研究成果放在综述中自我评价;摘录一手资料,禁止据综述写综述;有综有述,不能简单罗列材料;引用文献要忠实文献内容;参考文献不能省略。

【实验报告】

利用PUBMED数据库限定检索功能检索“B.DeliaJohnson2004年6月1日—2005年12月31日期间在Blood、Circulation、JAMA3种刊物上发表的有关心肌缺血(heartischemia或myocardialischemia)的文献”。

【练习与思考题】

1.利用PUBMED数据库的限定检索功能检索“19-64岁人群肝癌的基因治疗”有关文献。

2.综述的写作格式和参考文献格式。

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